Hầu hết các phương pháp phân loại hiện đại đều chia cá voi minke thành hai loài:

• Cá voi minke thông thường hoặc cá voi minke phương bắc (Balaenoptera acutorostrata), và
• Cá voi minke Nam Cực hoặc cá voi minke phương nam (Balaenoptera bonaerensis).[6]

Các nhà phân loại còn phân loại tiếp cá voi minke thông thường thành hai hoặc ba phân loài; cá voi minke Bắc Đại Tây Dương, cá voi minke Bắc Thái Bình Dương và cá voi minke lùn. Tất cả các loài cá voi minke đều thuộc Họ Cá voi lưng gù, một họ bao gồm cá voi lưng gù, cá voi vây, cá voi Bryde, cá voi Sei và cá voi xanh.

Ít nhất một lần, một con cá voi minke Nam Cực đã được xác nhận là đã di cư đến Bắc Cực.[7][8] Ngoài ra, ít nhất hai loài lai hoang dã giữa cá voi minke thông thường và cá voi minke Nam Cực đã được xác nhận.[7][8][9]